Założycielska kolekcja indonezyjska liczyła w chwili utworzenia Muzeum Azji i Pacyfiku ponad 3000 obiektów. Regularnie uzupełniana, jest nadal największą w zbiorach Muzeum i znaczącą w skali europejskiej. Obejmuje około 5000 eksponatów z Jawy, Bali, Sumatry, Sulawesi, Kalimantanu, Timoru, Madury, Sumby, Flores, Niasu, Moluków. Szczególnie cenne są zespoły tkanin, broni białej (w tym około 150 krisów - sztyletów malajskich), lalek teatralnych, masek teatru wayang topeng, instrumentów muzycznych. Dawna rzeźba jawajska to kamienne stele z Jawy Wschodniej, z przedstawieniami bóstw

hinduistycznych, datowane na VIII-XIV w., oraz fragmenty rzeźb terakotowych z epoki Majapahit

(XIV-XV w.). Sztukę społeczności plemiennych reprezentują przede wszystkim obiekty

związane z Batakami z Sumatry i Dajakami z Kalimantanu. Muzeum posiada

również zbiór obrazów i grafik indonezyjskich artystów XX w., takich jak Affandi, S. Sudjojono, Hendra Gunawan, Batara Lubis, Mochtar Apin, Srihadi Sudarsono, Nyoman Gunarsa oraz przykłady tradycyjnego malarstwa z wyspy Bali.